Idea powołania pisma naukowego o profilu nawigacyjnym pojawiała się w środowisku nawigatorów od wielu lat. Dopiero inicjatywa Sekcji Nawigacji Komitetu Geodezji PAN doprowadziła jesienią roku 1998 do porozumienia z Gdańskim Oddziałem PAN, co zaowocowało powstaniem pisma „Annual of Navigation”. Gdański Oddział PAN zgodził się firmować periodyk jako wydawnictwo PAN pod warunkiem spełnienia kilku wymogów, typowych dla periodyków naukowych posiadających światowy zasięg, w szczególności język publikacji, którym jest język angielski, recenzowanie artykułów przez dwóch niezależnych recenzentów, utworzenie Rady Programowej, w której będą zasiadali między innymi dwaj przedstawiciele Oddziału Gdańskiego PAN, a w perspektywie zasiądą w niej również osoby z zagranicy.

Przewodniczącym Rady Programowej został prof. dr hab. Lubomir Baran, członek korespondent PAN i przewodniczący Komitetu Geodezji, natomiast redaktorem – prof. dr hab. Andrzej Felski z INiHM AMW.
Ostatecznie w roku 1999 ukazał się pierwszy numer pisma ukazującego się zasadniczo w cyklu rocznym, w niektórych latach ukazuje się numer dodatkowy w postaci monografii.
Obecnie jesteśmy indeksowani przez następujące serwisy:
Arianta, Baidu Scholar, BazTech, CNKI Scholar, CNPIEC, Celdes, Dimensioons, DOAJ, EBSCO Discovery Service, Genamics JournalSeek, Google Scholar, Japan Science and Technology Agency, J-Gate, JourlanTOCs, KESLI-NDSL, Naviga (Softweco), POL-index, Primo Central (Exlibris), Publons, QOAM, ReadCube, Sherpa/RoMEA, Summon (Serials Solutions/ProQuest), TDNet, TEMA Technik und Management, Ulrich's Periodicals Directory/ulrichsweb, WanFang Data, WorldCat (OCLC)